60年代的日本人似乎对这个大黑猩猩情有独钟，在玩遍了各种哥斯拉的故事之后，依然将金刚的神奇遭遇不停地向人们展示、炫耀。光看他的故事就能让人吓一跳：科学家制造出了一个机械金刚，用来在北极挖掘神秘的X

拥有幸福美满生活的大兵福德·布罗迪，内心隐藏着一个挥之不去的阴影。15年前，他和父亲乔伊、母亲桑德拉生活在日本。父母供职于一座大型核电站。就在福德的爸爸生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，他的母亲在灾难中丧生，语焉不详的政府隐瞒真相，以防止核辐射的名义封锁了该地区。但是乔伊却从种种异状觉察到反常之处，十五年来他一直试图揭开当天的灾难之谜，终于发现这一切都是由一只如山一般巨大的怪兽所引起。怪兽哥斯拉从沉睡中苏醒，令人难以预测的灾难席卷而来……

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，